搜索引擎优化的好处，不用人说，自然是不少的。但是，它也有弊端。
第一，就网站内容提供者而，搜索引擎优化有插队的意图。有很多互联网内容是会去迎合搜索引擎的，无论是付费的，还是免费的。如果有相当一部分人都去迎合搜索引擎的话，直接的影响就是干预了公众获取信息的优先性。通俗的说，它是想来插队的。就像银行将客户划分为三六九等，高级别的客户都是来插队的。以“插队技术”为导向的搜索引擎优化，有碍于公平的信息环境。
第二，就互联网用户而言，搜索引擎优化降低了信息的有效性。为了抢占互联网的有利空间，有人拼命制造大量信息，这些信息很可能是为了赶时间而粗制滥造出来的，色情暴力、博人眼球、哗众取宠，随处可见。给互联网带来障碍的，往往就是这类信息。结果就是：互联网尽管提供了大量的信息，但是信息的有效性降低了。这也就是降低了用户体验的效果。
第三，就搜索引擎开发者而言，搜索引擎优化给其社会责任感带来危机。杜绝搜索引擎优化的现象是不可能的。因为，投机获利是本性使然。唯一能指望的就是搜索引擎本身，它可能会基于社会责任，对经过优化的网站内容做出一些限制。社会责任感强的，就会作出更多的限制；社会责任感弱的，可能就光顾着赚钱了。处理不好，就会产生危机。
当今，搜索引擎已经成为互联网日常生活必备的一项工具。所以，搜索引擎不能仅仅将其定位为一家盈利的企业，其社会责任比一般企业要大得多。尽管搜索引擎优化不可能杜绝，但是基本的道义还是不能丢失的。